{"id":7254,"date":"2012-08-22T16:31:59","date_gmt":"2012-08-22T14:31:59","guid":{"rendered":"http:\/\/www.oezratty.net\/wordpress\/?p=7254"},"modified":"2013-02-07T15:54:42","modified_gmt":"2013-02-07T13:54:42","slug":"technologies-sequencage-genome-humain-6","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.oezratty.net\/wordpress\/2012\/technologies-sequencage-genome-humain-6\/","title":{"rendered":"Les technologies de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome humain &#8211; 6"},"content":{"rendered":"<p>Dans la <a href=\"https:\/\/www.oezratty.net\/wordpress\/2012\/technologies-sequencage-genome-humain-5\/\">cinqui\u00e8me partie<\/a> de cette s\u00e9rie estivale, nous en avons termin\u00e9 avec la description factuelle des technologies du s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome. Dans cette sixi\u00e8me et avant-derni\u00e8re partie, nous allons nous int\u00e9resser \u00e0 la g\u00e9o-\u00e9conomie de ce secteur.<\/p>\n<p><strong>L\u2019absence des fran\u00e7ais<\/strong><\/p>\n<p>Vous aurez sans-doutes remarqu\u00e9 que dans les soci\u00e9t\u00e9s pass\u00e9es en revue, il y a beaucoup de startups et PME innovantes. Elles sont principalement am\u00e9ricaines, un peu britanniques ou allemandes, mais pas une seule fran\u00e7aise. Aussi bien dans les technologies que nous avons couvertes, que d\u2019ailleurs dans les services associ\u00e9s, style 23andMe.<\/p>\n<p>C\u2019est d\u00e9routant si ce n\u2019est consternant !<\/p>\n<p>Dans l\u2019innovation et le capital-risque, on a coutume d\u2019investir dans trois secteurs cl\u00e9s : le num\u00e9rique, la sant\u00e9 et les \u00e9cotechnologies. Pourquoi cette partie importante du second pan semble-t-elle ignor\u00e9e par notre pays ? On retrouve bien dans le secteur de la sant\u00e9 des sympt\u00f4mes voisins de ceux qui affectent l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me num\u00e9rique : saupoudrage d\u2019investissements d\u2019origine publique, complexit\u00e9 du syst\u00e8me, rivalit\u00e9s entre institutions publiques (INSERM, INRA, CEA, CNRS), liaisons difficiles entre grands labos et startups et frilosit\u00e9 des investisseurs priv\u00e9s. Mais la principale raison de l\u2019absence fran\u00e7aise ne semble ni technologique ni financi\u00e8re. Ce sont la peur et le principe de pr\u00e9caution. Comme pour les OGM, ils bloquent l\u2019industrie fran\u00e7aise.<\/p>\n<p>Le s\u00e9quen\u00e7age individualis\u00e9 du g\u00e9nome humain est porteur d\u2019esp\u00e9rances pour cr\u00e9er des th\u00e9rapies g\u00e9niques sur mesure non seulement pour les maladies rares d\u2019origine g\u00e9n\u00e9tique mais aussi pour les cancers ou de nombreuses maladies auto-immunes. Il peut aussi &#8211; dans certains cas \u2013 aboutir au d\u00e9veloppement d\u2019une nouvelle forme de m\u00e9decine pr\u00e9ventive (modulo les limites du mod\u00e8le <a href=\"http:\/\/www.charlatans.info\/news\/Le-sequencage-du-genome-n-est-pas\">\u00e9voqu\u00e9es ici<\/a>). Mais en m\u00eame temps, le s\u00e9quen\u00e7age fait peur, notamment au niveau de la protection des donn\u00e9es personnelles et de l\u2019\u00e9thique sur ce qui concerne les manipulations du vivant.<\/p>\n<p>Prenons l\u2019exemple d\u2019un g\u00e8ne augmentant le risque d\u2019arr\u00eat cardiaque brutal. Chez nous, on va se dire qu\u2019un employeur va chercher \u00e0 connaitre son existence avant tout recrutement. Sachant pourtant qu\u2019il y a d\u00e9j\u00e0 un cloisonnement entre professions &#8211; et donn\u00e9es &#8211; m\u00e9dicales et employeur, d\u2019o\u00f9 l\u2019existence de la m\u00e9decine du travail.<\/p>\n<p>Ailleurs, on va se dire, chouette, si on le d\u00e9tecte, on pourra un jour le circonvenir par une th\u00e9rapie g\u00e9nique ! A la d\u00e9charge de la France, Isra\u00ebl dont les startups de biotech se portent plut\u00f4t bien n\u2019est pas pr\u00e9sent non plus dans le secteur du s\u00e9quen\u00e7age (cf leurs <a href=\"http:\/\/www.science.co.il\/biomedical-companies.asp\">startups de medtech<\/a>). Cependant, l\u2019industrie et les startups de biotech fran\u00e7aises s\u2019int\u00e9ressent plus aux th\u00e9rapies, ce que nous verrons dans le dernier article de cette s\u00e9rie.<\/p>\n<p>Selon <a href=\"http:\/\/billaut.typepad.com\/jm\/2012\/08\/on-veut-r%C3%A9-industrialiser-la-france-on-nen-prend-par-le-chemin.html\">Jean-Michel Billaut<\/a>, notre march\u00e9 int\u00e9rieur est compl\u00e8tement bloqu\u00e9 car \u201c<em>nous avons un Comit\u00e9 d&#8217;Ethique qui nous interdit de faire r\u00e9aliser, de notre propre chef, notre s\u00e9quencement g\u00e9n\u00e9tique&#8230; Sous peine d&#8217;une amende de 15.000 \u20ac et d&#8217;une ann\u00e9e de prison<\/em>\u201d. Pour \u00eatre plus pr\u00e9cis, il semblerait que l\u2019on puisse commander un s\u00e9quen\u00e7age d\u2019ADN personnel mais avec un consentement produit sous forme \u00e9crite <strong><span style=\"text-decoration: underline;\">et<\/span> <\/strong>orale. Ceci vise \u00e0 \u00e9viter les effets de bord tels que ceux qui sont \u00e9voqu\u00e9s dans <a href=\"http:\/\/www.ethique.inserm.fr\/inserm\/ethique.nsf\/71e06a9429e2806dc12571530050454d\/5cdf2369abc7a26ec125742b002b46d4\/$FILE\/Dossier.pdf\">Ethique et g\u00e9nomique : les nouveaux d\u00e9fis dans le domaine de la recherche et de l\u2019information<\/a>, une \u00e9tude d\u2019une doctorante en \u00e9thique de la recherche \u00e0 l\u2019INSERM publi\u00e9e en 2008. La loi n\u2019interdit pas le s\u00e9quen\u00e7age personnel du g\u00e9nome, elle l\u2019encadre. Il s\u2019agit pr\u00e9cis\u00e9ment de l\u2019<a href=\"http:\/\/www.legifrance.gouv.fr\/affichCodeArticle.do?cidTexte=LEGITEXT000006070721&amp;idArticle=LEGIARTI000006419306&amp;dateTexte=20120813\">article 16-10 du Code Civil<\/a> qui a \u00e9t\u00e9 modifi\u00e9 en mars 2012. D\u2019un point de vue pratique, il rend impossible la commande d\u2019un s\u00e9quencement d\u2019ADN par vente \u00e0 distance et vous oblige \u00e0 passer par un m\u00e9decin. Comme ceux-ci sont plut\u00f4t d\u00e9pass\u00e9s par les \u00e9v\u00e9nements ou n\u2019ont pas \u00e9t\u00e9 form\u00e9s \u00e0 ce genre d\u2019outil, ils ne sont pas sp\u00e9cialement motiv\u00e9s ou int\u00e9ress\u00e9s \u00e0 vous recommander cela. Sans compte qu\u2019il s\u2019agit de frais \u00e0 priori non pris en charge et par la s\u00e9curit\u00e9 sociale et par les mutuelles. Donc, une m\u00e9decine de \u201cprivil\u00e9gi\u00e9s\u201d. En tout cas, votre s\u00e9quen\u00e7age doit r\u00e9pondre \u00e0 une finalit\u00e9 bien pr\u00e9cise et ne pas relever d\u2019un achat d\u2019impulsion.<\/p>\n<p>J\u2019ai cherch\u00e9 des projets de s\u00e9quen\u00e7age chez les laur\u00e9ats du Concours National g\u00e9r\u00e9 par le Minist\u00e8re de la Recherche et sur ceux des appels \u00e0 projet de l\u2019ANR. Aucune trace ! Et pas plus dans les <a href=\"http:\/\/www.inserm.fr\/index.php\/thematiques\/genetique-genomique-et-bioinformatique\/dossiers-d-information\">programmes de l\u2019INSERM<\/a>.<\/p>\n<p>Par contre, il existe bien un programme <a href=\"http:\/\/www.ipmc.cnrs.fr\/fichiers\/communication\/invest_avenir\/F-GENOMIQUE.pdf\">France G\u00e9nomique<\/a> dans le Plan d\u2019Investissement d\u2019Avenir (grand emprunt) lanc\u00e9 en 2010 sous la responsabilit\u00e9 de Jean Weissenbach et dot\u00e9 de 60 m\u20ac. Ce dernier est avec Daniel Cohen \u00e0 l\u2019origine des premi\u00e8res cartographies des g\u00e8nes dans les chromosomes humains r\u00e9alis\u00e9es au G\u00e9n\u00e9thon en 1991 et 1993. Ils en ont \u00e9t\u00e9 tous les deux Directeurs Scientifiques, l\u2019un apr\u00e8s l\u2019autre. Jean Weissenbach avait aussi particip\u00e9 au <strong>Human Genome Project <\/strong>en s\u00e9quen\u00e7ant le chromosome 14. Au passage, j\u2019ai trouv\u00e9 cette <a href=\"http:\/\/tel.archives-ouvertes.fr\/docs\/00\/13\/36\/87\/PDF\/Peerbaye2004.pdf\">th\u00e8se en sociologie<\/a> (!) de Ashveen Peerbaye (2004) qui documente tr\u00e8s bien l\u2019histoire politique du HGP (\u00e0 partir de la page 40), compl\u00e9tant l\u2019histoire scientifique d\u00e9j\u00e0 vue, et <a href=\"http:\/\/www.nature.com\/nature\/journal\/v409\/n6822\/full\/409860a0.html\">publi\u00e9e dans Nature<\/a> en 2001. Il traite aussi de la bien compliqu\u00e9e histoire du s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome en France avec l\u2019histoire du G\u00e9n\u00e9thon et celle du G\u00e9nopole d\u2019Evry. Et rappelle notamment que le r\u00f4le de la France dans le HGP n\u2019est d\u00fb qu\u2019\u00e0 l\u2019AFM et au G\u00e9n\u00e9thon, contre l\u2019avis des instances de d\u00e9cision de la recherche publique fran\u00e7aise de l\u2019\u00e9poque. Au final, une bonne partie de la recherche fran\u00e7aise en g\u00e9nomique a \u00e9t\u00e9 financ\u00e9e par du \u201ccrowdfunding\u201d (le T\u00e9l\u00e9thon), un cas assez unique dans l\u2019histoire des sciences en France.<\/p>\n<p>S\u2019il n\u2019y avait pas cet obstacle moralo-\u00e9thique qui semble bien bloquant, l\u2019industrie fran\u00e7aise et ses startups feraient tout de m\u00eame face \u00e0 bien d\u2019autres difficult\u00e9s :<\/p>\n<ul>\n<li>Si l\u2019on encourage les chercheurs fran\u00e7ais \u00e0 cr\u00e9er des startups, leur bagage culturel les d\u00e9favorise souvent d\u2019un point de vue business. Ils ne sont pas aussi bien pr\u00e9par\u00e9s et entour\u00e9s que leurs homologues am\u00e9ricains qui baignent tr\u00e8s t\u00f4t dans un milieu tr\u00e8s entrepreneurial. On n\u2019a pas pl\u00e9thore de chercheurs aux dents longues style Craig Venter, le tr\u00e8s contest\u00e9 cr\u00e9ateur de <a href=\"https:\/\/www.celera.com\">Celera<\/a> ! Apr\u00e8s avoir concouru dans la course au s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome humain face au HGP et cherch\u00e9 \u00e0 breveter des s\u00e9quences du g\u00e9nome, il propose maintenant des outils de diagnostic de pathologies d\u2019origine g\u00e9n\u00e9tiques et de s\u00e9lection de th\u00e9rapies associ\u00e9es.<\/li>\n<li>Cela \u00e9volue dans le bon sens avec divers rapprochements entre les labos, universit\u00e9s et entreprises, notamment depuis le vote de loi LRU dite \u201cP\u00e9cresse\u201d. Mais bien lentement. L\u2019entreprise est encore un \u201cp\u00e9ch\u00e9\u201c pour nombre de chercheurs.<\/li>\n<li>Le s\u00e9quen\u00e7age est un domaine o\u00f9 la transdisciplinarit\u00e9 est critique. Cr\u00e9er un s\u00e9quenceur requiert des comp\u00e9tences en biologie mol\u00e9culaire, en chimie, en nanotechnologies, en robotique, en optique, en \u00e9lectronique et enfin, en traitement num\u00e9rique. Sans compter les dimensions m\u00e9dicales, juridiques et business. Cela fait beaucoup de discipline pour une startup quand on sait qu\u2019il est d\u00e9j\u00e0 difficile d\u2019associer des d\u00e9veloppeurs \u00e0 des personnes ayant un profil plus business.<\/li>\n<li>Notre industrie sait de moins en moins produire de \u201cmachines\u201d y compris dans les nouvelles technologies et m\u00eame en mode \u201cfabless\u201d. Pour la petite histoire, l\u2019un des premiers s\u00e9quenceurs robotis\u00e9s au monde a \u00e9t\u00e9 con\u00e7u pour le G\u00e9n\u00e9thon par la soci\u00e9t\u00e9 fran\u00e7aise d\u2019ing\u00e9nierie Bertin, le Mark II. Sans \u00eatre produit au-del\u00e0 de quelques dizaines d\u2019exemplaires !<\/li>\n<li>Comme pour les grandes boites de l\u2019Internet de la Silicon Valley, les montants lev\u00e9s par les startups du s\u00e9quen\u00e7age sont mirobolants et en grande partie justifi\u00e9s par le niveau des investissements requis. Ils vont de $20m \u00e0 $250m pour les mieux financ\u00e9es d\u2019entre elles ! Difficile de lever de tels montants \u00e0 l\u2019\u00e9chelle fran\u00e7aise voire m\u00eame europ\u00e9enne. La seule solution pour y arriver est d\u2019\u00e9tablir une partie de ses activit\u00e9s aux USA. C\u2019est malheureusement le choix que font certains fran\u00e7ais. A la fois pour le blocage local sur le domaine du s\u00e9quen\u00e7age et sur les difficult\u00e9s de financement. C\u2019est ainsi l\u2019exp\u00e9rience du bordelais Patrick Merel, cr\u00e9ateur de la soci\u00e9t\u00e9 de services en ligne d\u2019analyse et de visualisation issues de votre g\u00e9nome, <a href=\"http:\/\/www.portablegenomics.com\/\">Portable Genomics<\/a>, qui a d\u00e9cid\u00e9 de s&#8217;installer \u00e0 San Diego en Californie apr\u00e8s avoir trouv\u00e9 porte ferm\u00e9e chez tous les guichets de financement fran\u00e7ais publics comme priv\u00e9s. Il faut dire que ce qu\u2019ils font peut en d\u00e9router plus d\u2019un en France avec notamment une application de visualisation didactique de votre g\u00e9nome qui tourne sur l\u2019Apple TV et une autre, destin\u00e9e \u00e0 l\u2019iPhone, <a href=\"http:\/\/www.genegroove.com\/\">GeneGroove<\/a>, qui transforme le code de votre g\u00e9nome en musique et qui est\u2026 disponible !<\/li>\n<li>Le march\u00e9 int\u00e9rieur fran\u00e7ais, m\u00eame s\u2019il n\u2019\u00e9tait pas bloqu\u00e9 comme il l\u2019est, serait largement insuffisant pour le d\u00e9veloppement commercial de telles soci\u00e9t\u00e9s. Il faut viser d\u2019embl\u00e9e le march\u00e9 mondial. Et c\u2019est difficile pour nos startups. Notons que le premier client d\u2019un leader comme Illumina est le laboratoire de recherche priv\u00e9 chinois <a href=\"http:\/\/www.bgisequence.com\">BGI<\/a> bas\u00e9 \u00e0 Shenzhen qui s\u2019est lanc\u00e9 dans un ambitieux projet de s\u00e9quen\u00e7age de milliers de g\u00e9nomes humains.<\/li>\n<\/ul>\n<p>On peut arg\u00fcer du fait que la technologie du s\u00e9quen\u00e7age n\u2019est qu\u2019un moyen parmi d\u2019autres pour am\u00e9liorer notre sant\u00e9. Les th\u00e9rapeutiques, notamment g\u00e9niques, comptent autant si ce n\u2019est plus que l\u2019outillage de s\u00e9quen\u00e7age. Oui mais\u2026 d\u2019un point de vue industriel, cela me rappelle ce qui se passe dans le num\u00e9rique : la France favorise les \u201csolutions\u201d mais ne maitrise pas suffisamment de \u201cplateformes\u201d. Or ces derni\u00e8res g\u00e9n\u00e8rent de grandes \u00e9conomies d\u2019\u00e9chelle et cr\u00e9ent un effet de r\u00e9seau \u00e9conomiquement toujours profitable \u00e0 celui qui d\u00e9tient le n\u0153ud du r\u00e9seau.<\/p>\n<p>Bref, dans la sant\u00e9 aussi, les \u201cenabling technologies\u201d sont cl\u00e9s. Et on a visiblement rat\u00e9 ce coche. L\u2019analogie peut \u00eatre faite dans d\u2019autres domaines : on n\u2019aura pas de Z-Corp (fabricant d\u2019imprimantes 3D) mais on aura des Sculpteo (service d\u2019impression 3D \u00e0 distance). Notre \u00e9cosyst\u00e8me se construira sur le service, et pas sur le produit ! Le contraire de l\u2019industrialisation\u2026<\/p>\n<p><strong>La dynamique de l\u2019omnipr\u00e9sence am\u00e9ricaine<\/strong><\/p>\n<p>Aux USA, des \u00e9tats d\u2019\u00e2me <a href=\"http:\/\/mitpress.mit.edu\/journals\/ajob\/3\/3\/robertson.pdf\">existent<\/a> aussi sur le s\u00e9quen\u00e7age :<\/p>\n<ul>\n<li>Le r\u00e9gulateur qu\u2019est la FDA s\u2019int\u00e9resse bien \u00e0 la question, cf leur <a href=\"http:\/\/www.fda.gov\/MedicalDevices\/NewsEvents\/WorkshopsConferences\/ucm284442.htm\">colloque de juin 2011<\/a>.<\/li>\n<li>Il y a m\u00eame une <a href=\"http:\/\/www.bioethics.gov\/\">commission pr\u00e9sidentielle sur la bio\u00e9thique<\/a>.<\/li>\n<li>Il faut aussi citer le <a href=\"http:\/\/www.genome.gov\/24519851\/\">Genetic Information Nondiscrimination Act<\/a>, une loi vot\u00e9e en 2008 sous Bush II qui prot\u00e8ge les am\u00e9ricains contre les discriminations qui pourraient provenir d\u2019informations sur leur patrimoine g\u00e9n\u00e9tique (pour le reste, c\u2019est une autre histoire\u2026).<\/li>\n<\/ul>\n<p>Barack Obama a lui-m\u00eame lanc\u00e9 en 2007, alors qu\u2019il n\u2019\u00e9tait que membre du S\u00e9nat am\u00e9ricain, l\u2019initiative du <strong><a href=\"http:\/\/www.govtrack.us\/congress\/bills\/110\/s976\/text\">Genomics and Personalized Medicine Act<\/a>\u00a0<\/strong>qui visait \u00e0 encourager le d\u00e9veloppement de th\u00e9rapies et de m\u00e9decine pr\u00e9ventive s\u2019appuyant sur le s\u00e9quen\u00e7age personnel du g\u00e9nome humain. Cette loi semble avoir \u00e9t\u00e9 recal\u00e9e au Congr\u00e8s en 2009 puis reprise par quelques s\u00e9nateurs dont Patrick Kennedy. Mais cela n\u2019a pas bien avanc\u00e9 depuis, ce d\u2019autant plus que le congr\u00e8s US est pass\u00e9 sous le contr\u00f4le des R\u00e9publicains dans les <em>mid-term elections <\/em>de novembre 2010.<\/p>\n<p>En tout cas, le l\u00e9gislateur am\u00e9ricain n\u2019a pas agi dans un sens qui pouvait bloquer l\u2019exp\u00e9rimentation et l\u2019innovation. Et les organismes f\u00e9d\u00e9raux ont m\u00eame contribu\u00e9 \u00e0 l\u2019acc\u00e9l\u00e9rer m\u00eame s\u2019il y a eu au d\u00e9part une rivalit\u00e9 entre le NIH (=INSERM chez nous) et le DOE (Department of Energy, un peu assimilable \u00e0 notre CEA qui lui aussi s\u2019int\u00e9resse \u00e0 l\u2019\u00e9nergie, surtout nucl\u00e9aire, et aussi \u00e0 la sant\u00e9, notamment dans les nanobiotechnologies avec le CEA-LETI bas\u00e9 \u00e0 Grenoble).<\/p>\n<p>Le droit am\u00e9ricain a ceci de particulier qu\u2019il donne une grande importance \u00e0 la jurisprudence (\u201ccase law\u201d) tandis que notre droit vient plus de la loi et du l\u00e9gislateur. Cela se retrouve dans les plus hautes instances judiciaires : aux USA, la Cour Supr\u00eame est l\u2019instance d\u2019appel de dernier recours apr\u00e8s les tribunaux locaux et f\u00e9d\u00e9raux et elle d\u00e9finit la jurisprudence \u00e0 l\u2019\u00e9chelon f\u00e9d\u00e9ral. En France, le Conseil Constitutionnel est l\u2019instance d\u2019appel du l\u00e9gislateur dans la fabrication des lois ! De ce fait, aux USA, le droit intervient en parall\u00e8le ou apr\u00e8s les innovations alors que notre l\u00e9gislateur a tendance \u00e0 cr\u00e9er des lois qui s\u2019appliquent avant et \u00e0 en bloquer certaines de mani\u00e8re pr\u00e9ventive. C\u2019est un peu le cas des OGM. Sans compter le principe de pr\u00e9caution qui est inscrit dans la constitution fran\u00e7aise depuis 2005.<\/p>\n<p>Le Pentagone a aussi \u00e9tudi\u00e9 la question et r\u00e9fl\u00e9chit aux moyens \u00e0 mettre en \u0153uvre pour <a href=\"http:\/\/www.fas.org\/irp\/agency\/dod\/jason\/hundred.pdf\">s\u00e9quencer<\/a> le g\u00e9nome de tous ses soldats ! Un beau march\u00e9 en perspective, ce client \u00e9tant souvent le plus gros des soci\u00e9t\u00e9s de technologie am\u00e9ricaines en \u201cbtob\u201d !<\/p>\n<p>L\u2019activit\u00e9 aux US sur le g\u00e9nome est donc florissante et couvre tout un tas de secteurs. En premier lieu la recherche aussi bien priv\u00e9e que publique. On a vu que le NIH joue un r\u00f4le moteur dans ce cadre. Ce n\u2019est pas qu\u2019une affaire de gros sous mais aussi de politique publique de sant\u00e9. Les startups y sont florissantes comme nous l\u2019avons vu, juste sur le s\u00e9quen\u00e7age. Les applications de services dans la e-sant\u00e9 prolif\u00e8rent aussi comme l\u2019expose <a href=\"http:\/\/billaut.typepad.com\/jm\/2012\/08\/la-e-sant%C3%A9-decolle-aux-usa-ce-nest-pas-encore-le-cas-en-france.html\">Jean-Michel Billaut<\/a> dans un inventaire des startups du secteur.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/www.oezratty.net\/wordpress\/wp-content\/WindowsLiveWriter\/Les-dessous-techniques-du-squenage-du-gn_82A7\/Logo-National-Human-Genome-Research-.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" style=\"background-image: none; padding-left: 0px; padding-right: 0px; display: inline; padding-top: 0px; border-width: 0px;\" title=\"Logo-National-Human-Genome-Research-\" alt=\"Logo-National-Human-Genome-Research-\" src=\"https:\/\/www.oezratty.net\/wordpress\/wp-content\/WindowsLiveWriter\/Les-dessous-techniques-du-squenage-du-gn_82A7\/Logo-National-Human-Genome-Research-_thumb.jpg\" width=\"395\" height=\"63\" border=\"0\" \/><\/a><\/p>\n<p>Le gouvernement f\u00e9d\u00e9ral US finance l\u2019amor\u00e7age de ces startups. Leur National Institute of Health finance des projets de recherche men\u00e9s par des PME au travers de son tr\u00e8s officiel <a href=\"http:\/\/www.genome.gov\/\">National Human Genome Institute<\/a>. La <a href=\"http:\/\/www.genome.gov\/27541189\">liste de m\u00e9thodes<\/a> en cours de recherche se recoupe avec certaines startups que nous avons couvertes dans cet article. Un nouvel <a href=\"http:\/\/grants.nih.gov\/grants\/guide\/rfa-files\/RFA-HG-10-014.html\">appel \u00e0 projet<\/a> est en cours. Leur financement est couvert par des subventions du programme \u201cSmall Business Innovation Research\u201d, qui est l\u2019une des composantes du bien fameux Small Business Act. Il finance des projets de recherche de PME. Dans le cas pr\u00e9cis de l\u2019appel \u00e0 projet en cours, le financement sera de $2,5m pour 2 \u00e0 5 projets s\u2019\u00e9talant sur 1 \u00e0 3 ans. Le financement par projet peut aller de $250K \u00e0 $1,5m. Et aucun abondement de financement priv\u00e9 n\u2019est demand\u00e9 aux PME qui concourent contrairement au Concours National de la Cr\u00e9ation d\u2019Entreprise de Technologie Innovante dont le palmar\u00e8s 2012 a \u00e9t\u00e9 annonc\u00e9 au <a href=\"http:\/\/cache.media.enseignementsup-recherche.gouv.fr\/file\/2012\/95\/1\/Palmares_2012_219951.pdf\">d\u00e9but de l\u2019\u00e9t\u00e9<\/a>. Et ne croyez pas que les am\u00e9ricains ne se focalisent que sur le s\u00e9quen\u00e7age ! Ils visent aussi toutes ses applications et sont notamment particuli\u00e8rement focalis\u00e9s sur le traitement ou la pr\u00e9vention des cancers.<\/p>\n<p>Cela se traduit aussi par des conf\u00e9rences sur la \u201cg\u00e9nomique personnelle\u201d comme la <a href=\"http:\/\/www.consumergeneticsconference.com\/cgc_content.aspx?id=117080\">Consumer Genetics Conference<\/a> dont la prochaine \u00e9dition a lieu d\u00e9but octobre 2012 \u00e0 Boston. Un lieu qui n\u2019est pas choisi par hasard puisque le nord-est des USA est un p\u00f4le \u00e9conomique majeur dans la sant\u00e9 aux USA et concurrence s\u00e9rieusement la Silicon Valley dans ce secteur.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/www.oezratty.net\/wordpress\/wp-content\/WindowsLiveWriter\/Les-dessous-techniques-du-squenage-du-gn_82A7\/Consumer-Genetics-Conference-2012.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" style=\"background-image: none; margin: 10px 0px 10px 10px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; display: inline; padding-top: 0px; border-width: 0px;\" title=\"Consumer Genetics Conference 2012\" alt=\"Consumer Genetics Conference 2012\" src=\"https:\/\/www.oezratty.net\/wordpress\/wp-content\/WindowsLiveWriter\/Les-dessous-techniques-du-squenage-du-gn_82A7\/Consumer-Genetics-Conference-2012_thumb.jpg\" width=\"319\" height=\"197\" border=\"0\" \/><\/a><\/p>\n<p>Pas de grosse surprise c\u00f4t\u00e9 financement : plus de capitaux qui circulent, il y a plus de prise de risque et un march\u00e9 int\u00e9rieur \u00e9norme &#8211; la sant\u00e9 coute cher et repr\u00e9sente 17% du PIB aux USA vs 13% en France &#8211; et aussi plus d\u2019ambition. Mais il y a aussi une cohorte de projets foireux &#8211; que j\u2019ai \u00e9vit\u00e9 de citer &#8211; qui ont \u00e9t\u00e9 modestement financ\u00e9s et ont peu de chances d\u2019aboutir. Ce d\u2019autant plus que d\u2019un point de vue technologique, le march\u00e9 du s\u00e9quen\u00e7age est tr\u00e8s fragment\u00e9.<\/p>\n<p>Le business model de ces startups est \u00e0 peu pr\u00e8s toujours le m\u00eame : vendre des machines relativement ch\u00e8res ($10K \u00e0 $50K, sachant que certaines vont jusqu\u2019\u00e0 $500K) puis des consommables, eux-m\u00eames tout aussi chers d\u2019autant plus qu\u2019ils int\u00e8grent des composants \u00e0 forte valeur ajout\u00e9e (microfluidique, etc). Le march\u00e9 du s\u00e9quen\u00e7age est \u00e0 la fois un march\u00e9 de volume car il pourrait concerner beaucoup de monde, mais il n\u2019est pas r\u00e9current pour autant. En effet, une fois qu\u2019on a s\u00e9quenc\u00e9 son g\u00e9nome, on n\u2019a plus besoin de le refaire. Mais le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome pr\u00e9sente une autre dimension de \u201cscalabilit\u00e9\u201d : les autres esp\u00e8ces vivantes ! De la dizaine de milliers de bact\u00e9ries qui sont dans notre syst\u00e8me digestif et sur notre peau jusqu\u2019\u00e0 toutes les esp\u00e8ces animales ou v\u00e9g\u00e9tales. De quoi faire travailler plein de laboratoires de recherche et d\u2019industriels. S\u2019y ajoute le mod\u00e8le de nombreuses soci\u00e9t\u00e9s orient\u00e9es services qui exploitent les donn\u00e9es du s\u00e9quen\u00e7age bas\u00e9es sur la vente de services en ligne.<\/p>\n<p>L\u2019\u00e9cosyst\u00e8me des fabricants am\u00e9ricains de s\u00e9quenceurs s\u2019appuie de son c\u00f4t\u00e9 sur les industries du num\u00e9rique, qui font maintenant intervenir les acteurs du cloud et du big data, la plupart \u00e9tant dans la Silicon Valley. Tout se tient d\u2019un point de vue industriel !<\/p>\n<p><strong>De bonnes surprises dans les th\u00e9rapies g\u00e9niques ?<\/strong><\/p>\n<p>Dans la <a href=\"https:\/\/www.oezratty.net\/wordpress\/2012\/technologies-sequenage-genome-humain-7\/\">derni\u00e8re partie<\/a> de cette longue s\u00e9rie, je vais rapidement couvrir ce qui se passe au <strong>G\u00e9n\u00e9thon<\/strong>, qui se focalise sur les th\u00e9rapies g\u00e9niques apr\u00e8s avoir \u00e9t\u00e9 il y a plus de 20 ans un pr\u00e9curseur du s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome humain. Ce laboratoire financ\u00e9 pour l\u2019essentiel par l\u2019AFM-T\u00e9l\u00e9thon d\u00e9veloppe et s\u2019appr\u00eate \u00e0 industrialiser \u00e0 grande \u00e9chelle les premi\u00e8res th\u00e9rapies g\u00e9niques qui s\u2019appuient entre autres sur le savoir g\u00e9n\u00e9r\u00e9 par le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome. C\u2019est plut\u00f4t encourageant apr\u00e8s cet \u00e9tat des lieux sur le s\u00e9quen\u00e7age !<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Dans la cinqui\u00e8me partie de cette s\u00e9rie estivale, nous en avons termin\u00e9 avec la description factuelle des technologies du s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome. Dans cette sixi\u00e8me et avant-derni\u00e8re partie, nous allons nous int\u00e9resser \u00e0 la g\u00e9o-\u00e9conomie de ce secteur. 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